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Description of Statistical Computation

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Author*Unverified author*
R Software Modulerwasp_hierarchicalclustering.wasp
Title produced by softwareHierarchical Clustering
Date of computationMon, 07 Mar 2011 15:16:17 +0000
Cite this page as followsStatistical Computations at FreeStatistics.org, Office for Research Development and Education, URL https://freestatistics.org/blog/index.php?v=date/2011/Mar/07/t1299510894q3dgekdubfzkniz.htm/, Retrieved Mon, 13 May 2024 11:45:06 +0000
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1.55	1.57	1.62	1.22	1.49	1.25	1.17	1.09	1.04	1.00	0.83	0.86	1.42	1.18	0.47	1.42	0.48	0.54	0.79	0.94	1.03	1.13	1.18	1.22	1.25	1.01	1.05	0.95	0.95	0.91	0.90	0.89	0.61	0.86	1.58	0.21	0.51	1.27	1.52	1.77	1.35	1.37	1.37	1.32	1.28	1.26	1.22	1.21	1.28	2.17	1.27	1.25	1.34	1.21	1.25	0.68	0.27	0.53	0.59	1.75	2.02	1.66	1.44	1.61	1.57	1.23	1.79	1.15	0.72	0.68	1.02	1.34	1.16	1.05	1.00	0.98	0.97	1.01	1.09	1.24	1.28	1.56	1.50	1.29	1.15	0.97	0.68	0.67	1.13	1.25	1.15	1.02	1.00	1.01	1.06	1.14	0.35	0.94	0.99	1.15	1.11	0.97	0.60	0.15	1.57	1.15	1.01	0.96	0.94	0.91	0.81	1.27	1.06	1.08	1.11	1.10	1.07	1.04	0.94	0.85	1.48	1.52	1.33	0.96	0.78	1.50
1.29	1.42	0.89	1.67	1.83	1.86	1.65	1.60	1.54	1.54	1.67	1.24	1.12	1.29	2.28	1.34	1.95	2.04	0.26	0.04	0.23	0.33	0.39	0.37	0.52	0.72	1.43	1.53	1.40	1.36	1.31	1.32	1.51	1.12	1.21	2.12	3.01	1.32	0.79	0.89	0.83	1.16	1.13	1.18	1.24	1.22	1.22	1.20	1.22	0.40	0.00	1.23	1.11	1.21	1.63	1.14	1.44	1.52	1.27	0.52	1.90	1.56	1.32	1.22	1.14	1.77	0.28	0.50	1.13	1.15	0.67	1.07	1.31	1.49	1.36	1.31	1.29	1.28	1.17	1.24	1.20	1.78	1.81	1.68	1.68	1.80	1.51	1.24	1.14	1.58	1.52	1.36	1.32	1.30	1.20	1.16	0.63	1.46	1.21	1.42	1.45	1.54	1.20	0.87	1.94	1.77	1.50	1.45	1.48	1.70	1.60	1.27	1.12	1.09	1.06	1.05	1.05	1.12	1.32	1.23	1.33	1.55	1.33	0.96	0.97	0.59
1.11	1.07	1.16	0.91	0.80	0.69	0.74	0.71	0.71	0.68	0.00	0.51	1.15	0.56	0.42	0.21	0.05	0.24	1.38	1.49	1.48	1.55	1.53	1.59	1.64	1.78	0.84	0.78	0.83	0.82	0.83	0.83	0.18	0.76	0.00	0.12	0.00	0.86	0.58	1.02	1.30	1.16	1.09	1.08	1.03	1.09	1.14	1.15	1.07	1.04	1.26	1.03	0.97	1.21	1.44	1.26	1.19	1.03	1.04	0.94	0.73	0.86	1.06	1.05	0.99	1.30	0.41	0.48	1.09	1.11	1.63	1.11	1.06	1.00	1.01	1.01	1.02	0.97	0.92	0.84	0.00	0.10	0.18	0.25	0.28	0.31	0.00	0.34	1.06	1.04	1.01	1.01	1.01	0.99	0.93	0.99	0.14	0.19	0.23	0.24	0.26	0.31	0.00	0.00	0.82	0.74	0.80	0.76	0.70	0.40	0.00	1.27	0.92	0.95	0.98	0.99	1.00	1.01	0.60	0.50	1.16	1.04	1.23	0.42	1.22	1.42
0.00	0.00	0.00	0.63	0.61	1.17	1.36	1.43	1.42	1.42	1.58	1.25	0.94	1.21	1.55	1.09	1.38	1.81	0.97	0.78	0.61	0.56	0.55	0.57	0.74	0.87	1.32	1.52	1.53	1.53	1.47	1.43	1.83	1.26	1.28	1.73	0.81	1.24	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.76	1.27	0.00	0.68	1.21	0.35	0.70	0.85	0.76	0.76	0.69	0.54	0.39	0.00	0.00	0.00	1.32	0.78	0.76	1.18	1.23	0.07	0.00	0.86	1.00	1.17	1.18	1.20	1.23	1.15	1.24	0.90	1.50	1.57	1.59	1.59	1.62	1.43	1.26	0.94	0.71	0.93	1.15	1.18	1.20	1.14	1.12	1.10	2.10	2.24	1.63	1.54	1.49	1.26	1.08	0.33	1.10	1.35	1.39	1.41	1.48	1.36	1.27	1.18	1.06	0.97	0.98	1.02	1.12	1.38	1.24	0.00	0.00	0.00	1.96	1.08	0.00
0.44	0.43	0.39	0.78	0.66	0.94	1.15	1.23	1.25	1.31	1.44	1.30	1.01	1.24	0.70	1.17	1.56	1.10	1.22	1.22	1.09	1.04	0.97	0.89	0.85	0.62	1.14	1.25	1.31	1.34	1.32	1.32	1.63	1.25	1.25	1.55	0.40	0.00	1.44	0.00	0.62	0.54	0.58	0.62	0.60	0.67	0.74	0.72	0.60	0.40	1.27	0.66	0.01	1.21	1.35	1.32	1.01	0.76	0.84	0.62	0.30	0.17	0.29	0.17	0.29	1.19	1.35	1.63	1.16	1.21	0.80	0.61	0.86	0.81	0.99	1.05	1.10	1.17	1.11	1.24	1.00	1.48	1.50	1.45	1.38	1.44	1.33	1.34	0.98	0.72	0.81	1.04	1.09	1.14	1.10	1.09	0.81	1.57	2.02	1.47	1.37	1.37	1.22	1.30	0.48	0.86	1.09	1.13	1.16	1.19	1.39	1.27	1.09	1.05	1.03	1.06	1.06	1.15	1.21	1.29	0.46	0.41	0.32	1.87	0.87	0.23
0.54	0.32	1.04	0.00	0.21	0.08	0.07	0.01	0.18	0.39	1.02	0.97	0.66	0.00	0.00	0.23	0.00	0.00	1.45	1.58	1.61	1.71	1.70	1.69	1.09	1.08	0.92	0.76	0.69	0.65	0.75	0.86	1.35	1.10	0.42	0.30	0.04	1.03	0.87	2.31	1.33	1.24	1.21	1.21	1.23	1.21	1.21	1.21	1.22	0.56	1.27	1.23	1.11	1.21	0.39	0.58	0.77	0.77	0.46	1.04	0.99	1.66	1.36	1.18	1.01	1.87	1.70	1.12	0.99	0.83	1.27	1.26	0.63	0.00	0.00	0.00	0.00	0.19	0.77	0.25	1.30	1.74	1.46	1.12	1.05	0.85	1.35	1.32	0.96	0.13	0.04	0.00	0.00	0.12	0.75	0.72	0.40	1.09	1.43	1.53	1.68	1.63	1.79	2.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.25	0.85	0.99	1.02	1.15	1.13	1.11	0.95	0.86	0.97	0.56	0.50	1.16	0.00	1.70	1.53
1.50	1.52	1.55	1.20	1.00	0.73	0.71	0.65	0.64	0.63	0.32	0.85	1.32	1.23	0.51	1.47	0.70	0.32	1.36	1.50	1.51	1.59	1.56	1.53	1.43	1.63	0.67	0.54	0.60	0.58	0.62	0.65	0.14	0.86	1.01	0.00	0.14	0.64	1.29	0.90	1.47	1.30	1.30	1.24	1.22	1.21	1.19	1.19	1.26	1.42	1.18	1.22	1.01	1.18	0.51	0.83	0.76	0.79	1.12	1.33	0.90	1.33	1.23	1.18	1.49	1.48	1.41	1.23	0.94	0.93	1.48	1.28	1.10	0.96	0.94	0.96	0.99	0.99	1.02	1.24	0.34	0.38	0.28	0.23	0.18	0.17	0.21	0.66	1.10	1.12	1.01	0.97	0.98	1.00	1.00	1.06	0.01	0.10	0.15	0.22	0.18	0.17	0.16	0.45	1.00	0.61	0.61	0.55	0.51	0.30	0.42	0.88	1.00	1.07	1.11	1.13	1.09	1.01	0.66	0.86	1.51	1.27	1.28	0.67	1.07	1.56
1.17	1.11	1.30	0.83	0.73	0.56	0.61	0.56	0.57	0.58	0.25	0.87	1.10	0.91	0.44	1.15	0.36	0.20	1.47	1.59	1.59	1.68	1.65	1.65	1.58	1.51	0.77	0.67	0.72	0.70	0.73	0.75	0.37	0.96	1.11	0.20	0.09	0.45	1.07	1.41	1.38	1.23	1.23	1.18	1.19	1.20	1.20	1.20	1.24	1.12	0.52	1.20	1.04	0.17	1.25	1.23	1.15	1.11	1.11	0.69	1.42	1.48	1.28	1.17	1.21	1.09	0.77	1.13	1.02	1.03	1.61	1.21	1.03	0.93	0.94	0.96	1.00	1.03	1.04	1.24	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.12	0.70	1.06	1.01	0.96	0.97	0.99	1.03	1.01	1.09	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.39	0.65	0.43	0.50	0.46	0.43	0.18	0.31	0.67	1.01	1.08	1.13	1.13	1.09	1.03	0.66	0.89	1.27	1.02	1.23	0.42	1.32	1.28

Tables (Output of Computation)





Summary of computational transaction
Raw Inputview raw input (R code)
Raw Outputview raw output of R engine
Computing time2 seconds
R Server'RServer@AstonUniversity' @ vre.aston.ac.uk

\begin{tabular}{lllllllll}
\hline
Summary of computational transaction \tabularnewline
Raw Input & view raw input (R code)  \tabularnewline
Raw Output & view raw output of R engine  \tabularnewline
Computing time & 2 seconds \tabularnewline
R Server & 'RServer@AstonUniversity' @ vre.aston.ac.uk \tabularnewline
\hline
\end{tabular}
%Source: https://freestatistics.org/blog/index.php?pk=119720&T=0

[TABLE]
[ROW][C]Summary of computational transaction[/C][/ROW]
[ROW][C]Raw Input[/C][C]view raw input (R code) [/C][/ROW]
[ROW][C]Raw Output[/C][C]view raw output of R engine [/C][/ROW]
[ROW][C]Computing time[/C][C]2 seconds[/C][/ROW]
[ROW][C]R Server[/C][C]'RServer@AstonUniversity' @ vre.aston.ac.uk[/C][/ROW]
[/TABLE]
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Summary of computational transaction
Raw Inputview raw input (R code)
Raw Outputview raw output of R engine
Computing time2 seconds
R Server'RServer@AstonUniversity' @ vre.aston.ac.uk






Summary of Dendrogram
LabelHeight
12.4960568903773
22.55616900849689
32.75731753702761
43.04359984229202
53.42512773484435
63.43435583479639
73.56513674352051
83.88979433903645
94.03274100333756
104.3989544212233
114.65655452024348
125.98490601429964
136.7407566340879
147.09358865455279
158.14113628432788
168.92476890457115
1710.6661895726637
1814.216328639983
1917.6503456056815

\begin{tabular}{lllllllll}
\hline
Summary of Dendrogram \tabularnewline
Label & Height \tabularnewline
1 & 2.4960568903773 \tabularnewline
2 & 2.55616900849689 \tabularnewline
3 & 2.75731753702761 \tabularnewline
4 & 3.04359984229202 \tabularnewline
5 & 3.42512773484435 \tabularnewline
6 & 3.43435583479639 \tabularnewline
7 & 3.56513674352051 \tabularnewline
8 & 3.88979433903645 \tabularnewline
9 & 4.03274100333756 \tabularnewline
10 & 4.3989544212233 \tabularnewline
11 & 4.65655452024348 \tabularnewline
12 & 5.98490601429964 \tabularnewline
13 & 6.7407566340879 \tabularnewline
14 & 7.09358865455279 \tabularnewline
15 & 8.14113628432788 \tabularnewline
16 & 8.92476890457115 \tabularnewline
17 & 10.6661895726637 \tabularnewline
18 & 14.216328639983 \tabularnewline
19 & 17.6503456056815 \tabularnewline
\hline
\end{tabular}
%Source: https://freestatistics.org/blog/index.php?pk=119720&T=1

[TABLE]
[ROW][C]Summary of Dendrogram[/C][/ROW]
[ROW][C]Label[/C][C]Height[/C][/ROW]
[ROW][C]1[/C][C]2.4960568903773[/C][/ROW]
[ROW][C]2[/C][C]2.55616900849689[/C][/ROW]
[ROW][C]3[/C][C]2.75731753702761[/C][/ROW]
[ROW][C]4[/C][C]3.04359984229202[/C][/ROW]
[ROW][C]5[/C][C]3.42512773484435[/C][/ROW]
[ROW][C]6[/C][C]3.43435583479639[/C][/ROW]
[ROW][C]7[/C][C]3.56513674352051[/C][/ROW]
[ROW][C]8[/C][C]3.88979433903645[/C][/ROW]
[ROW][C]9[/C][C]4.03274100333756[/C][/ROW]
[ROW][C]10[/C][C]4.3989544212233[/C][/ROW]
[ROW][C]11[/C][C]4.65655452024348[/C][/ROW]
[ROW][C]12[/C][C]5.98490601429964[/C][/ROW]
[ROW][C]13[/C][C]6.7407566340879[/C][/ROW]
[ROW][C]14[/C][C]7.09358865455279[/C][/ROW]
[ROW][C]15[/C][C]8.14113628432788[/C][/ROW]
[ROW][C]16[/C][C]8.92476890457115[/C][/ROW]
[ROW][C]17[/C][C]10.6661895726637[/C][/ROW]
[ROW][C]18[/C][C]14.216328639983[/C][/ROW]
[ROW][C]19[/C][C]17.6503456056815[/C][/ROW]
[/TABLE]
Source: https://freestatistics.org/blog/index.php?pk=119720&T=1

Globally Unique Identifier (entire table): ba.freestatistics.org/blog/index.php?pk=119720&T=1

As an alternative you can also use a QR Code:  
QR Code


The GUIDs for individual cells are displayed in the table below:

Summary of Dendrogram
LabelHeight
12.4960568903773
22.55616900849689
32.75731753702761
43.04359984229202
53.42512773484435
63.43435583479639
73.56513674352051
83.88979433903645
94.03274100333756
104.3989544212233
114.65655452024348
125.98490601429964
136.7407566340879
147.09358865455279
158.14113628432788
168.92476890457115
1710.6661895726637
1814.216328639983
1917.6503456056815


Figures (Output of Computation)

Input Parameters & R Code

Parameters (Session):
Parameters (R input):
par1 = complete ; par2 = ALL ; par3 = FALSE ; par4 = FALSE ;
R code (references can be found in the software module):
par3 <- as.logical(par3)
par4 <- as.logical(par4)
if (par3 == 'TRUE'){
dum = xlab
xlab = ylab
ylab = dum
}
x <- t(y)
hc <- hclust(dist(x),method=par1)
d <- as.dendrogram(hc)
str(d)
mysub <- paste('Method: ',par1)
bitmap(file='test1.png')
if (par4 == 'TRUE'){
plot(d,main=main,ylab=ylab,xlab=xlab,horiz=par3, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex = 0.8),type='t',center=T, sub=mysub)
} else {
plot(d,main=main,ylab=ylab,xlab=xlab,horiz=par3, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex = 0.8), sub=mysub)
}
dev.off()
if (par2 != 'ALL'){
if (par3 == 'TRUE'){
ylab = 'cluster'
} else {
xlab = 'cluster'
}
par2 <- as.numeric(par2)
memb <- cutree(hc, k = par2)
cent <- NULL
for(k in 1:par2){
cent <- rbind(cent, colMeans(x[memb == k, , drop = FALSE]))
}
hc1 <- hclust(dist(cent),method=par1, members = table(memb))
de <- as.dendrogram(hc1)
bitmap(file='test2.png')
if (par4 == 'TRUE'){
plot(de,main=main,ylab=ylab,xlab=xlab,horiz=par3, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex = 0.8),type='t',center=T, sub=mysub)
} else {
plot(de,main=main,ylab=ylab,xlab=xlab,horiz=par3, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex = 0.8), sub=mysub)
}
dev.off()
str(de)
}
load(file='createtable')
a<-table.start()
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,'Summary of Dendrogram',2,TRUE)
a<-table.row.end(a)
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,'Label',header=TRUE)
a<-table.element(a,'Height',header=TRUE)
a<-table.row.end(a)
num <- length(x[,1])-1
for (i in 1:num)
{
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,hc$labels[i])
a<-table.element(a,hc$height[i])
a<-table.row.end(a)
}
a<-table.end(a)
table.save(a,file='mytable1.tab')
if (par2 != 'ALL'){
a<-table.start()
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,'Summary of Cut Dendrogram',2,TRUE)
a<-table.row.end(a)
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,'Label',header=TRUE)
a<-table.element(a,'Height',header=TRUE)
a<-table.row.end(a)
num <- par2-1
for (i in 1:num)
{
a<-table.row.start(a)
a<-table.element(a,i)
a<-table.element(a,hc1$height[i])
a<-table.row.end(a)
}
a<-table.end(a)
table.save(a,file='mytable2.tab')
}