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Hirarchiel CLustering Alle cijfers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
R Software Module: rwasp_hierarchicalclustering.wasp (opens new window with default values) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Title produced by software: Hierarchical Clustering | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Date of computation: Mon, 12 Nov 2007 11:49:01 -0700 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cite this page as follows: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Statistical Computations at FreeStatistics.org, Office for Research Development and Education, URL http://www.freestatistics.org/blog/date/2007/Nov/12/t1194893056mh1df7f1thltf0n.htm/, Retrieved Mon, 12 Nov 2007 19:44:16 +0100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
User-defined keywords: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dataseries X: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
» Textbox « » Textfile « » CSV « | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
513 140 373 96 87 503 132 371 86 75 471 117 354 82 74 471 114 357 92 91 476 113 363 99 101 475 110 364 101 103 470 107 363 102 106 461 103 358 100 102 455 98 357 101 105 456 98 357 100 105 517 137 380 99 100 525 148 378 97 95 523 147 376 97 96 519 139 380 97 98 509 130 379 96 99 512 128 384 92 92 519 127 392 91 84 517 123 394 87 81 510 118 392 82 72 509 114 396 89 89 501 108 392 91 96 507 111 396 90 91 569 151 419 87 88 580 159 421 89 90 578 158 420 95 98 565 148 418 85 87 547 138 410 94 100 555 137 418 94 100 562 136 426 97 104 561 133 428 99 107 555 126 430 97 105 544 120 424 96 102 537 114 423 94 98 543 116 427 100 106 594 153 441 96 97 611 162 449 98 101 613 161 452 98 100 611 149 462 94 93 594 139 455 93 94 595 135 461 94 96 591 130 461 94 96 589 127 463 97 98 584 122 462 98 102 573 117 456 95 95 567 112 455 89 85 569 113 456 89 84 621 149 472 89 82 629 157 472 90 87 628 157 471 86 77 612 147 465 92 90 595 137 459 91 90 597 132 465 95 94 593 125 468 99 97 590 123 467 98 96 580 117 463 95 93 574 114 460 96 93 573 111 462 94 93 573 112 461 98 97 620 144 476 98 100 626 150 476 98 95 620 149 471 98 97 588 134 453 102 103 566 123 443 101 102 557 116 442 92 93 561 117 444 99 99 549 111 438 101 100 532 105 427 99 97 526 102 424 102 104 511 95 416 102 102 499 93 406 101 103 555 124 431 99 100 565 130 434 98 90 542 124 418 98 90 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Text written by user: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Output produced by software: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Charts produced by software: |
| Parameters: | par1 = ward ; par2 = ALL ; par3 = FALSE ; par4 = FALSE ; | | R code (references can be found in the software module): | par3 <- as.logical(par3)
| par4 <- as.logical(par4) if (par3 == 'TRUE'){ dum = xlab xlab = ylab ylab = dum } x <- t(y) hc <- hclust(dist(x),method=par1) d <- as.dendrogram(hc) str(d) mysub <- paste('Method: ',par1) bitmap(file='test1.png') if (par4 == 'TRUE'){ plot(d,main=main,ylab=ylab,xlab=xlab,horiz=par3, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex = 0.8),type='t',center=T, sub=mysub) } else { plot(d,main=main,ylab=ylab,xlab=xlab,horiz=par3, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex = 0.8), sub=mysub) } dev.off() if (par2 != 'ALL'){ if (par3 == 'TRUE'){ ylab = 'cluster' } else { xlab = 'cluster' } par2 <- as.numeric(par2) memb <- cutree(hc, k = par2) cent <- NULL for(k in 1:par2){ cent <- rbind(cent, colMeans(x[memb == k, , drop = FALSE])) } hc1 <- hclust(dist(cent),method=par1, members = table(memb)) de <- as.dendrogram(hc1) bitmap(file='test2.png') if (par4 == 'TRUE'){ plot(de,main=main,ylab=ylab,xlab=xlab,horiz=par3, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex = 0.8),type='t',center=T, sub=mysub) } else { plot(de,main=main,ylab=ylab,xlab=xlab,horiz=par3, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex = 0.8), sub=mysub) } dev.off() str(de) } load(file='createtable') a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'Summary of Dendrogram',2,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'Label',header=TRUE) a<-table.element(a,'Height',header=TRUE) a<-table.row.end(a) num <- length(x[,1])-1 for (i in 1:num) { a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,hc$labels[i]) a<-table.element(a,hc$height[i]) a<-table.row.end(a) } a<-table.end(a) table.save(a,file='mytable1.tab') if (par2 != 'ALL'){ a<-table.start() a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'Summary of Cut Dendrogram',2,TRUE) a<-table.row.end(a) a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,'Label',header=TRUE) a<-table.element(a,'Height',header=TRUE) a<-table.row.end(a) num <- par2-1 for (i in 1:num) { a<-table.row.start(a) a<-table.element(a,i) a<-table.element(a,hc1$height[i]) a<-table.row.end(a) } a<-table.end(a) table.save(a,file='mytable2.tab') } | Copyright
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